La Dra. Ruiz Fernández es especialista en geoquímica y geocronología reciente de sedimentos, orientada al estudio de los impactos del Cambio Global en sistemas acuáticos (lacustres, marinos y costeros), incluyendo la evaluación de las tendencias de aumento del nivel del mar, flujos de carbono azul y contaminación marina. Recibió de la UNAM las medallas Alfonso Caso y Gabino Barreda por méritos académicos y la medalla “Sor Juana Inés de la Cruz”, por su destacada labor como investigadora..

Ha publicado más de 80 artículos científicos en revistas indizadas de circulación internacional, ha participado en más de 100 contribuciones en congresos y cuenta con un índice h de 22 (Scopus; 2016). Es tutora de los Posgrados en Ciencias del Mar y Limnología, y de Ciencias de la Sostenibilidad de la UNAM. Es miembro de la Academia Mexicana de Ciencias y es editora asociada de la revista Hidrobiológica. Es miembro del Grupo de Expertos en Aspectos Científicos de la Protección Ambiental Marina (GESAMP) de la Organización de Naciones Unidas desde 2009 (LIGA, http://www.gesamp.org/memberdisplaypages/ana-carolina-ruiz-fernandez), investigadora asociada del Centro GEOTOP de la Universidad de Quebec en Montreal (LIGA http://www.geotop.ca/fr/membres/collaborateurs-internationaux/695-ruiz-fernandez-ana-carolina-2.html) y forma parte de la cartera de expertos en técnicas nucleares del Organismo Internacional de Energía Atómica, lo cual le ha permitido contribuir a la formación de recursos humanos en técnicas nucleares orientadas al manejo costero en Latinoamérica.